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Topology
TopologyAtom
TopologyConformer
TopologyConformerAdd
TopologyConformerRemove
TopologyDihedral
TopologyReference
TopologyResidue
TopologyTautomer
TopologyTitrationState
xml.sax.handler.ContentHandler
TopologyHandler
 
 
| class Topology
 |  |  | Contains the structured definitions of residue reference coordinates as well as alternate titration, conformer, and tautomer states.
 
 |  |  | Methods defined here: 
 __init__(self, topologyFile)Initialize with the topology file reference ready for reading
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| class TopologyHandler(xml.sax.handler.ContentHandler)
 |  |  | Handler for XML-based topology files.  Assumes the following hierarchy of tags: topology
 -->residue
 |-->reference
 |-->titrationstate
 |-->tautomer
 |-->conformer
 
 |  |  | Methods defined here: 
 __init__(self)
 characters(self, text)
 endElement(self, tagName)
 startElement(self, tagName, attributes)
 Methods inherited from xml.sax.handler.ContentHandler:
 
 endDocument(self)Receive notification of the end of a document.
 The SAX parser will invoke this method only once, and it will
 be the last method invoked during the parse. The parser shall
 not invoke this method until it has either abandoned parsing
 (because of an unrecoverable error) or reached the end of
 input.
 endElementNS(self, name, qname)Signals the end of an element in namespace mode.
 The name parameter contains the name of the element type, just
 as with the startElementNS event.
 endPrefixMapping(self, prefix)End the scope of a prefix-URI mapping.
 See startPrefixMapping for details. This event will always
 occur after the corresponding endElement event, but the order
 of endPrefixMapping events is not otherwise guaranteed.
 ignorableWhitespace(self, whitespace)Receive notification of ignorable whitespace in element content.
 Validating Parsers must use this method to report each chunk
 of ignorable whitespace (see the W3C XML 1.0 recommendation,
 section 2.10): non-validating parsers may also use this method
 if they are capable of parsing and using content models.
 
 SAX parsers may return all contiguous whitespace in a single
 chunk, or they may split it into several chunks; however, all
 of the characters in any single event must come from the same
 external entity, so that the Locator provides useful
 information.
 processingInstruction(self, target, data)Receive notification of a processing instruction.
 The Parser will invoke this method once for each processing
 instruction found: note that processing instructions may occur
 before or after the main document element.
 
 A SAX parser should never report an XML declaration (XML 1.0,
 section 2.8) or a text declaration (XML 1.0, section 4.3.1)
 using this method.
 setDocumentLocator(self, locator)Called by the parser to give the application a locator forlocating the origin of document events.
 
 SAX parsers are strongly encouraged (though not absolutely
 required) to supply a locator: if it does so, it must supply
 the locator to the application by invoking this method before
 invoking any of the other methods in the DocumentHandler
 interface.
 
 The locator allows the application to determine the end
 position of any document-related event, even if the parser is
 not reporting an error. Typically, the application will use
 this information for reporting its own errors (such as
 character content that does not match an application's
 business rules). The information returned by the locator is
 probably not sufficient for use with a search engine.
 
 Note that the locator will return correct information only
 during the invocation of the events in this interface. The
 application should not attempt to use it at any other time.
 skippedEntity(self, name)Receive notification of a skipped entity.
 The Parser will invoke this method once for each entity
 skipped. Non-validating processors may skip entities if they
 have not seen the declarations (because, for example, the
 entity was declared in an external DTD subset). All processors
 may skip external entities, depending on the values of the
 http://xml.org/sax/features/external-general-entities and the
 http://xml.org/sax/features/external-parameter-entities
 properties.
 startDocument(self)Receive notification of the beginning of a document.
 The SAX parser will invoke this method only once, before any
 other methods in this interface or in DTDHandler (except for
 setDocumentLocator).
 startElementNS(self, name, qname, attrs)Signals the start of an element in namespace mode.
 The name parameter contains the name of the element type as a
 (uri, localname) tuple, the qname parameter the raw XML 1.0
 name used in the source document, and the attrs parameter
 holds an instance of the Attributes class containing the
 attributes of the element.
 
 The uri part of the name tuple is None for elements which have
 no namespace.
 startPrefixMapping(self, prefix, uri)Begin the scope of a prefix-URI Namespace mapping.
 The information from this event is not necessary for normal
 Namespace processing: the SAX XML reader will automatically
 replace prefixes for element and attribute names when the
 http://xml.org/sax/features/namespaces feature is true (the
 default).
 
 There are cases, however, when applications need to use
 prefixes in character data or in attribute values, where they
 cannot safely be expanded automatically; the
 start/endPrefixMapping event supplies the information to the
 application to expand prefixes in those contexts itself, if
 necessary.
 
 Note that start/endPrefixMapping events are not guaranteed to
 be properly nested relative to each-other: all
 startPrefixMapping events will occur before the corresponding
 startElement event, and all endPrefixMapping events will occur
 after the corresponding endElement event, but their order is
 not guaranteed.
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