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Protein
 
| class Protein
 |  |  | Protein class 
 The protein class represents the parsed PDB, and provides a
 hierarchy of information - each Protein contains a list of Chain
 objects as provided in the PDB file.  Each Chain then contains its
 associated list of Residue objects, and each Residue contains a list
 of Atom objects, completing the hierarchy.
 
 |  |  | Methods defined here: 
 __init__(self, pdblist)Initialize using parsed PDB file
 Parameters
 pdblist: List of Classes of PDB lines as created
 by pdb.py->readPDB
 createProtein(self, pdblist)Fill the Protein with chains, residues, and atoms
 Parameters
 pdblist: List of Classes of PDB lines as created
 by pdb.py->readPDB (list)
 Returns
 dict:    Mapping of chain ID to chain object
 list:    List of chain objects sorted by chain ID (dict)
 getAtoms(self)Return all Atom objects in list format
 Returns
 atomlist:  List of Atom objects in the protein (list)
 getChains(self)Get the chains object
 Returns
 chains: The list of chains in the protein (chain)
 getCharge(self)Get the total charge on the proteinNOTE:  Since the misslist is used to identify incorrect
 charge assignments, this routine does not list the
 3 and 5 termini of nucleic acid chains as having
 non-integer charge even though they are (correctly)
 non-integer.
 Returns:
 misslist: List of residues with non-integer
 charges (list)
 charge:   The total charge on the protein (float)
 numAtoms(self)Get the number of atoms for the entire protein(includingmultiple chains)
 
 Returns
 count:  Number of atoms in the protein (int)
 numResidues(self)Get the number of residues for the entire protein (includingmultiple chains)
 
 Returns
 count:  Number of residues in the protein (int)
 printAtoms(self, atomlist)Get the text for the entire proteinParameters
 atomlist: The list of atoms to include (list)
 Returns
 text:     The list of (stringed) atoms (list)
 reSerialize(self)Generate new serial numbers for atoms in the protein
 Data and non-method functions defined here:
 
 __doc__ = '\n        Protein class\n\n        The protein clas...  of Atom objects, completing the hierarchy.\n    '
 __module__ = 'protein'
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